Jak prognózy vědců slibují, v budoucnosti se zvednou hladiny oceánů, což způsobí rozvrácení lidské civilizace a velké ztráty na životech. Ulicemi měst, které se teď skrývají pod příkrovy slané vody, se prohánějí bytosti podobné žralokům a mořským pannám, které mají za jediný cíl vyhladit zkažené lidské plémě a začít znovu na zelené louce, tedy v modrém moři^_~. Jen posádka Blue Submarine No. 6 může zažehnat globální konflikt.