Faustovské téma zajímalo Jana Švankmajera odedávna: poprvé je zpracoval jako představení pro semaforské Divadlo masek; v 80. letech napsal nerealizovaný scénář pro celovečerní program Laterny Magiky. Dlouho připravovaný projekt dostal nakonec s přispěním francouzských, německých a britských producentů a s finanční podporou českého ministerstva kultury a francouzského ministerstva kultury a komunikace (CNC) podobu celovečerního kombinovaného filmu. Švankmajer natáčel svůj druhý dlouhometrážní projekt s týmem stálých spolupracovníků dva roky; do hlavní role obsadil výborného Petra Čepka. Faustovský mýtus považuje autor za klíčový pro naši civilizaci. Jeho vlastní výklad se liší například od goethovské prezentace Fausta jako romantického titána, symbolu lidské aktivity, nacházejícího své vznešené poslání v tvořivé práci pro společnost. Švankmajerův hrdina je naopak obyčejný člověk z ulice, který je vytržen ze svého všedního života, v němž otázky po smyslu lidské existence nemají místo. Po formální stránce je Lekce Faust extraktem dosavadních Švankmajerových uměleckých zkušeností, podřízených ovšem originálnímu tvůrčímu přemítání o moderní podobě faustovského mýtu.